1、费用较低
通过马德里协定进行商标国际注册时，每指定一个国家，就要交纳一笔指定费。但是，各成员国的指定费用低于分别到每个国家注册的费用。首先，马德里协定国的3个类别以内的指定费用都统一为CHF73（按照通常CHF1.00＝RMB6.50的汇率换算，约折合成人民RMB474.50），比这些协定国中大部分国家的实际商标官费要低；其次，马德里议定书国的费用尽管各国不尽相同，但基本上都仅仅是这些国家的实际商标官费，没有额外费用发生。

2、节省时间
从国际注册日起算，如果12个月内没有收到协定国或者18个月内没有收到议定书国发来的拒绝给予商标保护的驳回通知书，即表示该商标已在该协定国或议定国自动得到了保护，对于那些实际审查期限非常长的国家，此种规定大大缩短了申请人为得到该国的商标注册保护而需等待的时间。

3、手续简单
首先，商标国际注册申请人自行或者通过本国代理组织向本国商标局递交一份申请，即可指定众多国家进行申请保护，手续简便。
其次，申请人不需要委托国外的律师/代理人在各国逐一办理。商标国际注册申请人仅需缴纳以瑞士法郎计算的统一的官费和本国商标局的手续费，而不需要到每个指定国分别单独缴纳费用。

最后，商标国际注册申请人可以规避一些国家对于单独申请商标的严格要求。比如伊朗，要求所有直接去伊朗申请商标注册的申请人必须委托伊朗本国的代理人代办商标注册申请，而且申请人给予代办人的授权委托书必须经过申请人本国公证机关的公证和伊朗驻该国的使馆的认证方为有效，手续相对较麻烦，而如果通过马德里国际注册体系指定伊朗要求注册，则不存在如上手续问题。